Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων βρίσκεται στην οδό Χάληδων, στο κέντρο της παλιάς πόλης και περιέχει την αρχαιολογική συλλογή των Χανίων.

Από το 1963 στεγάζεται στη βενετσιάνικη εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου, ένα σημαντικό μνημείο της πόλης.

Δεν είναι γνωστό πότε ακριβώς χτίστηκε η εκκλησία, αλλά γραπτές πηγές αναφέρουν ότι επιβίωσε στο μεγάλο σεισμό του 1595 και είναι η μεγαλύτερη εκκλησία στην πόλη.