​Археологический музей города Ханья, расположен в старой части города, на улице Халидон и относится к археологическим достопримечательностям Ханьи. В перечне сооружений, представляющих археологическую ценность Ханьи, долгое время находились различные общественные здания (Администрация, Гимназия для мальчиков, мечеть Хасан). С 1963 года музей был размещен в венецианской церкви Святого Франциска, который является одним из главных памятников города.

Точной даты постройки церкви не известно, но письменные источники упоминают о ней как об устоявшей перед огромным землетрясением в 1595 году, самой большой церкви города. Позже она была преображена в турецкую мечеть посвященную паше Юсуфу, завоевателю города Ханья. На рубеже 20-го столетия она превратилась в кинотеатр «Идеон Адрон». После второй мировой войны была использована в качестве торговой базы, тогда как в 1963 году стала занимать функцию археологического музея, которую  она выполняет до сих пор.