Αγία Πελαγία βρίσκεται 21 χιλιόμετρα δυτικά του Ηρακλείου, στη δυτική πλευρά μιας μεγάλης χερσονήσου, η οποία έχει πολλούς μικρούς όρμους με όμορφες παραλίες. Η κύρια παραλία του οικισμού είναι μια μακρά και στενή παραλία με άμμο και πράσινα νερά. Η παραλία προσφέρει πολλές επιλογές για θαλάσσια σπορ, καταδύσεις, ομπρέλες, φαγητό και διαμονή.